Huvudbyggnad på Iso-Pappila (Stora-Prästgården) från 1863 är ritad av arkitekt August Boman. Huset med inslag av nyrenässans och empire har 13 rum och en sexkantig glasveranda. År 1911 byggdes byggnaden ut i ena änden med en eldbeständig arkivflygel.
Prästgården var inte bara ett hem och en lantgård, utan den hyste också församlingens kansli och fungerade som centrum för kulturlivet på orten. Under årtiondena förrättades där dop, togs ut lysningar och vigdes otaliga lojobor. Prästgården var också såväl möteslokal för olika föreningar som festlokal på bemärkelsedagar och begivenheter.
Flera kyrkoherdar med familj hann bo i huset, och när den sista kyrkoherden som bodde i prästgården gick i pension stod byggnaden tom i några år. Lojo Museum, som grundats 1911, flyttade till prästgården 1978. Under åren har byggnaderna i prästgårdens gårdsmiljö en för en övertagits av museet. Även trädgården har rustats upp och återspeglar gångna tiders prakt.