Museon puutarha koostuu pappilan etupihasta eli miespihasta uljaine tammineen, takapihan hoidetusta hyöty- ja koristepuutarhasta ja navetan edustalla sijaitsevasta karjapihasta. Aluetta jatkaa tien toisella puolella, rinteen alaosassa sijaitseva Juhlametsä sekä sen läheiset aitta ja riihi. Kauempana katse kohtaa Lohjanjärven, joka aikoinaan oli kiinteä osa pappilan elämää. Siellä kalastettiin, järvelle tehtiin huviretkiä ja talvella jäätie lyhensi reittejä seurakunnan eri alueille.
Ensimmäiset maininnat pappilan puutarhasta löytyvät 1700-luvun lopusta. Puutarhan takaosassa kasvavien vanhimpien omenapuiden sekä kuistin läheisyydessä kohoavan ikitammen on tulkittu olevan noilta ajoilta, mutta tiedon todenperäisyyttä on syytä epäillä. Luultavimmin ainakin omenapuut on istutettu vasta 1800-luvun lopulla.
Pappilassa on ollut kirsikkapuutarhaksikin kutsuttu maantiepuutarha ja alempi puutarha eli päärakennuksen takana oleva nykyinen puutarha. Maantiepuutarhan kasvillisuudesta ei enää ole näkyvissä selviä merkkejä, ja rinne nykyisen pedagogion takana on metsittynyt.
Päärakennuksen takana, alapuutarhassa, oli kahdeksan muotopuutarhan mukaista lohkoa ja hiekkakäytävät niitä rajaamassa. Lauantai-iltaisin ehtookellojen soidessa tuli niin käytävien kuin ympäröivän puutarhan olla siistittynä, ja puutarhatyöt talon muiden töiden ohella taukosivat sunnuntai-iltaan saakka.
Rakennusten siirryttyä museokäyttöön myös puutarhaa kunnostettiin. Tarkkoja tietoja alueen kaikkien osien aiemmista vaiheista ei ole, joten nykyinen puutarha on varsin vapaan sommittelun tulos. Muotopuutarhan ajatus aluetta rajaavine hiekkakäytävineen on kuitenkin säilytetty ja kasvivalinnoissa on suosittu vanhoja lajeja ja lajikkeita. Osa kasveista on alkuperäisiä mutta seassa on paljon ostettuja ja lohjalaisilta pihoilta siirrettyjä kasveja. Mitkä ovat mistäkin, sitä ei kukaan enää varmaksi tiedä. Puutarhan perältä löytyvä hernepensaiden rajaama huvimaja lienee kirkkoherrojen ajoilta, ja toki myös puutarhan vanhimmat puut, kuten tammet, lehtikuuset ja vaahterat sekä pappilaan kirkolta johtava koivukuja.
Omenapuiden nuorempi sukupolvi on istutettu vuosittaisten Omenakarnevaalien aikaan, ja istuttajana on useimmiten toiminut joku paikallinen merkkihenkilö. Tietoa siitä, kuka minkäkin puun on alun perin istuttanut, ei ole saatavilla.
Tällä hetkellä puutarha mukailee menneiden vuosikymmenien puutarhakulttuuria ja pappiloille tyypillistä koriste- ja hyötypuutarhan yhdistelmää tarjoten tietoa ja tarinoita sekä viihtyisän kesäolohuoneen kaikille museon alueella kävijöille.
Lohja